讓病毒“說話”:MIT團隊使用AI預(yù)測HIV及新冠病毒的突變方向
2021-02-04 21:51:17AI云資訊979
隨著新的冠狀病毒變異越來越多,疫苗研發(fā)更加需要走在變異前面。然而,隨機的病毒突變即使是科學(xué)家也難以預(yù)測。
MIT的博士生布萊恩·希(Brian Hie)認為,跟人類的語言一樣,生物學(xué)里也存在與語法和其他規(guī)則相對應(yīng)的結(jié)構(gòu)。而這些模式有可能存在于氨基酸鏈中。只要破解了病毒的語言,科學(xué)家就能利用病毒來預(yù)測病毒自身的變異方向。
Hie和MIT的生物工程學(xué)助理教授Bryan Bryson以及應(yīng)用數(shù)學(xué)教授Bonnie Berger一起嘗試以他們最了解的方式破解該代碼:使用AI。這項研究成果發(fā)表于Science期刊上,題為《Learning the language of viral evolution and escape》(學(xué)習(xí)病毒進化和逃逸的語言)
研究團隊對他們的NLP進行了各種數(shù)據(jù)庫中存儲的成千上萬個實驗室確認的病毒遺傳序列的培訓(xùn)。他們訓(xùn)練了三個獨立的NLP,每個均可預(yù)測出足以逃避免疫系統(tǒng)但不會造成病毒自身破壞的變異。
為了驗證他們的結(jié)果,他們直接使用了病毒,在實驗室中測試了NLP預(yù)測的突變是否有助于病毒逃逸,勝過擊敗抗病毒抗體的機會。
根據(jù)《MIT Technology Review》(麻省理工科技評論),在預(yù)測實驗室中的病毒逸出方面,他們的模型超越了現(xiàn)有技術(shù),對艾滋病毒和冠狀病毒株預(yù)測令人印象深刻。
最終,該團隊希望他們的NLP模型不僅可以預(yù)測病毒變異方向,甚至可以更精確地預(yù)測病毒將在序列的哪個位置發(fā)生突變。從而成為疫苗的理想靶標,指導(dǎo)研究人員開發(fā)疫苗。
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